在处理多个被申请人的仲裁案件时，仲裁机构需要采取一系列措施来确保程序的公正性和效率，同时也要充分保障各方当事人的合法权益。以下是一些具体的处理步骤和注意事项：
一、案件受理与分组
案件初步审查：在受理案件后，仲裁机构应首先对案件进行初步审查，包括但不限于案件的合法性、有效性以及是否属于仲裁范围等。
案件分组：对于涉及多个被申请人的案件，仲裁机构可以根据案件的相似性、被申请人的关联性等因素进行分组，以便于管理和审理。
二、通知与送达
通知所有被申请人：仲裁机构应确保所有被申请人收到仲裁通知，包括仲裁程序开始、仲裁庭组成等信息。
送达方式：采用合法有效的送达方式，如邮寄、公告等，确保被申请人能够及时收到通知。
三、仲裁庭的组成
仲裁庭成员：根据仲裁规则和当事人的约定，组成仲裁庭。对于涉及多个被申请人的案件，仲裁庭成员应具备相应的专业知识和经验。
回避制度：确保仲裁庭成员符合回避条件，避免利益冲突。
四、证据收集与交换
证据收集：仲裁庭应指导各方当事人收集和提交证据，确保证据的真实性、合法性和关联性。
证据交换：在仲裁过程中，仲裁庭应组织各方当事人进行证据交换，确保各方都有机会质证和辩论。
五、审理程序
庭审安排：合理安排庭审时间，确保各方当事人都有充分的时间陈述和辩论。
听证会：对于复杂案件，可以举行听证会，邀请专家证人出庭作证。
调解：在审理过程中，仲裁庭可以尝试调解，以达成和解。
六、裁决书的制作与送达
裁决书制作：仲裁庭根据审理结果制作裁决书，确保裁决书内容清晰、准确、完整。
裁决书送达：将裁决书送达所有当事人，包括被申请人。
七、保障各方权益
公正审理：仲裁庭应公正审理案件，确保裁决结果公正、合理。
保密原则：仲裁程序应遵循保密原则，保护当事人的商业秘密和个人隐私。
期限规定：确保仲裁程序在规定期限内完成，避免拖延。
执行监督：对于仲裁裁决，仲裁机构应监督执行情况，确保裁决得到有效执行。
通过以上步骤，仲裁机构可以有效处理多个被申请人的仲裁案件，保障各方当事人的合法权益，维护仲裁程序的公正性和权威性。